Območje, ki ga danes zajema župnija Škofije, je bilo vse čase bolj ali manj na prepihu, na prehodu. Skozi župnijo poteka najkrajša kopna pot iz Trsta do Kopra in drugih istrskih mest. Tukaj so se neprenehoma postavljale, prestavljale in odpravljale meje.

Postavljanje meje po 2. svetovni vojni in dokončna postavitev meje z Italijo leta 1954 je sprožilo val odseljevanja in priseljevanja. Veliko ljudi se je priselilo, ostalo je zelo malo domačinov. Zato je bila posebej modra odločitev, da se je leta 1960 ustanovila župnija Škofije.

Poznavalci razmer, ki so nastale po 2. svetovni vojni, trdijo, da se je kar 85 % prebivalcev odselilo s področja današnje župnije Škofije. Na izpraznjeno področje so se začeli naseljevati ljudje iz raznih krajev Jugoslavije. Naraščalo je torej število prebivalcev.

Duhovniki sosednjih župnij (Osp, Lazaret, Predloka, Dekani, Tinjan) so ugotavljali, da so mnogi zaselki zaradi oddaljenosti izgubili vsak stik z matično župnijo, torej so živeli na robu, periferiji župnij, h katerim so pripadali. V majhnem številu so se udeleževali verskih obredov in malo jih je bilo aktivno vključenih v župnijsko življenje. Verniki Prve (Spodnje) Škofije, ki so spadali v župnijo Lazaret, so redko kdaj prišli v župnijsko cerkev. V župnijo Dekani je spadala Druga in Tretja Škofija. Do svoje župnijske cerkve so imeli več kot pol ure težavne poti – do cerkve na Spodnji Škofiji pa samo 10-15 minut. Verniki Četrte Škofije so spadali v župnijo Tinjan. Do cerkve je vodila strma pot, za kar so porabili več kot pol ure.

Posebne razmere je ustvarjal tudi takratni politični režim, ki je oviral normalno versko življenje in ustvarjal sovražen odnos do vernih. V kraje tik ob državni meji so pošiljali preverjene ljudi, ki so opravljali državne službe (vojaške starešine, miličniki, cariniki, učitelji in drugi).

Primerna rešitev bi bila, da bi se ti verniki združili v novo župnijo, dobili svojega župnika in svojo župnijsko cerkev. Tako bi se lahko zbirali k bogoslužju v primerno oddaljeni župnijski cerkvi, tam prejemali zakramente in bili deležni verskega pouka.
Na Spodnji Škofiji so imeli že šolo, pošto in avtobusno postajo, zato bi bilo primerno, da bi bilo središče župnije tudi tukaj in bi cerkev na Spodnji Škofiji postala župnijska cerkev.

Ideja o novi župniji ni bila čisto nova, kajti o tem so razmišljali že takoj po prvi svetovni vojni. Leta 1956 pa je dekan Dominik Pegan posredoval pobudo za ustanovitev nove župnije apostolskemu administratorju dr. Mihaelu Torošu. 31. julija 1958 so upravitelji župnij Osp, Tinjan, Predloka, Dekani in Lazaret sprejeli dogovor o spremembi nekaterih župnijskih mej zaradi »uspešnega pastirovanja v skladu z novimi gospodarskimi in prometnimi razmerami«.

Po mnogih posvetovanjih in pogovorih je 1. septembra 1960 bilo podpisano ustanovno pismo, v katerem je zapisano: »Odločamo, da se na Koprščini med župnijami Osp, Dekani, Lazaret in med državno mejo proti Miljam ustanovi nova župnija z imenom Škofije. Nova župnija obsega kaplanijo Plavje s cerkvijo svete Lucije in vasicama Badiha in Elerji. Dalje II. Škofijo s cerkvico posvečeno Kristusu Kralju in III. Škofijo, ki ju s tem odrezujemo od njune dosedanje župnije Dekani, ter IV. Škofijo in zaselek Rombi, ki ju odrezujemo od dosedanje župnije Tinjan. Dalje dodeljujemo novi župniji zaselka ob cesti iz Trsta proti Kopru Forteco in Valmarin ter posamezne raztresene hiše na tem področju.«