Območje, ki ga danes zajema župnija Škofije, je bilo vse čase bolj ali manj na prepihu, na prehodu. Skozi župnijo poteka najkrajša kopna pot iz Trsta do Kopra in drugih istrskih mest. Tukaj so se neprenehoma postavljale, prestavljale in odpravljale meje.
Postavljanje meje po 2. svetovni vojni in dokončna postavitev meje z Italijo leta 1954 je sprožilo val odseljevanja in priseljevanja. Veliko ljudi se je priselilo, ostalo je zelo malo domačinov. Zato je bila posebej modra odločitev, da se je leta 1960 ustanovila župnija Škofije.